По сюжету игры, четверо бойцов Naruto попадают внутрь загадочного призрачного замка, внезапно образовавшегося рядом с секретной деревней ниндзя и высасывающего жизненную энергию из его обитателей. Им предстоит пройти 100 уровней замка и сразиться с более чем 20 видами врагов, используя комбо-атаки, удары в полете и разнообразные приемы, чтобы понять, за что повелевающая замком женщина в маске так их не любит.